Fachagentur Nachwachsende Rohstoffe Ein Projektträger des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft

 

Projektverzeichnis - Details

Entwicklung von Methoden zum PCR-basierten Direktnachweis von drei Rübenviren in Bodenproben und zur Typisierung des Beet necrotic yellow vein virus für die Sicherung der Produktion gesunder Bioenergierüben

Anschrift
Julius Kühn-Institut Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen (JKI) - Institut für Epidemiologie und Pathogendiagnostik
38104 Braunschweig
Messeweg 11/12
Kontakt
Dr. Anette Niehl
Tel: +49 531 299-3707
E-Mail: anette.niehl@julius-kuehn.de
FKZ
22405912
Anfang
01.11.2014
Ende
31.05.2019
Aufgabenbeschreibung
Zielstellung des Projektantrages ist es, Methoden für einen schnellen PCR-gestützten Direktnachweis von bodenbürtigen Zuckerrübenviren zu entwickeln. Der Test soll von Züchtungsunternehmen, amtlichem Pflanzenschutzdienst und Dienstleistern für die landwirtschaftlichen Betriebe zur Ermittlung der BNYVV-Belastung von Ackerflächen nutzbar und gegenüber dem bisherigen Nachweis deutlich schneller, sicherer und kostengünstiger sein. Darüber hinaus soll mit dem neuen, genombasierten Verfahren auch erstmals die Detektion von BSBV und BVQ direkt in Bodenproben möglich gemacht werden. Weiterhin sollen für das BNYVV als dem wichtigsten Pathogen im Rizomaniakomplex der Nachweis auch quantitativ gestaltet und die Pathotypisierung des jeweiligen Isolates weiter verbessert werden. Mittels entsprechend optimierter qPCR-Formate sollen erstmalig auch die Bestimmung des Mengenverhältnisses der verschiedenen BNYVV-RNAs in unterschiedliche Matrices ermöglicht und dieses Verhältnis in Abhängigkeit äußerer Faktoren analysiert werden. Entwicklung einer optimierten PCR-Variante (möglichst One-Step Format) zum simultanen qualitativen Nachweis von BNYVV, BVQ und BSBV in Bodenproben; Entwicklung optimaler Bedingungen (Aufschluss, Primer, cDNA-Synthese, Amplifikation) zum quantitativen Nachweis aller Genomkomponenten des BNYVV in Boden und Pflanzenmaterial. Umfassende Kontrolle der diagnostischen Qualität der entwickelten Detektionsverfahren durch mehrjährigen Vergleich mit den bislang praktizierten Biotests mit qualitativer und quantitativer (MPN) Auswertung. Optimierung der Amplifikation des Pathotyp-bestimmenden Genombereiches des BNYVV und der nachfolgenden Reinigung des Amplicons für die Direktsequenzierung. Vergleichende Analyse des Mengenverhältnisses der BNYVV-RNAs in Boden, Wurzeln, Blättern unter verschiedenen äußeren Bedingungen (Sorte, Pflanzenalter, Mischinfektionen).

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